生物学セミナー

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Phase Transitions in Biological Systems

2020年9月23日10:00 - 11:00

足立 景亮 (数理創造プログラム 基礎科学特別研究員)

Biological systems are built hierarchically by DNA, proteins, cells, tissues, organs, individuals, etc. Recent experiments have clarified the existence of interesting mesoscale phenomena inside cells,...続きを読む

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Eco-evolutionary dynamics with novel mutations

2020年9月16日10:00 - 11:00

Hye Jin Park (Junior Research Group Leader, Statistical physics of ecology and evolution group, Asia Pacific Center for Theoretical Physics, Korea (the Democratic People's Republic of))

Evolution is driven by individual birth and death that are determined by interactions between individuals. Hence studying interactions is crucial to understand the population evolution. However, tradi...続きを読む

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Singular point implies coexistence in adaptive dynamics

2020年9月9日10:00 - 11:00

立川 正志 (数理創造プログラム 客員研究員(学術機関))

Adaptive dynamics is a relatively new mathematical framework for studying evolution(~1990s). Under the influence of the mathematical ecology and the game theory, adaptive dynamics considers the effect...続きを読む

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The hitch-hiker’s guide to 
the concept of 
adaptive dynamics

2020年9月2日10:00 - 10:30

入谷 亮介 (数理創造プログラム 研究員)

Adaptation is of multi-causality, composed of mutation and selection processes. I will talk about how we model adaptation on the basis of the adaptive dynamics framework. This is a very quick, concept...続きを読む

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Modeling biological timing

2020年8月26日10:00 - 11:00

黒澤 元 (数理創造プログラム 専任研究員)

Under stay-at-home situation, some of you may suffer from sleep disorder. Efficacy of a drug often depends on the timing of its prescription. We know this fact about our "timing", but we don't know wh...続きを読む

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Heavy tails in the brain

2020年8月5日10:00 - 11:00

Lukasz Kusmierz (理化学研究所 脳神経科学研究センター 研究員)

In my talk I will discuss the relation between two seemingly unrelated measures in the brain that exhibit heavy tails: neuronal avalanches, i.e. bursts of activity with power-law distributions of size...続きを読む

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Time-dependent bias emerges in population models with broad offspring number distributions

2020年7月29日10:00 - 11:00

岡田 崇 (数理創造プログラム 上級研究員)

It has been increasingly recognized that natural populations exhibit broad offspring number distributions, either because offspring numbers are strongly variable (e.g. marine organisms) or because ran...続きを読む

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Human Time vs. Mouse Time in Embryonic Development

2020年7月17日16:00 - 17:00

戎家 美紀 (Group Leader, European Molecular Biology Laboratory, Barcelona, Spain)

Different species have different tempos of development: larger animals tend to grow more slowly than smaller animals. My group has been trying to understand the molecular basis of this interspecies di...続きを読む

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Application of geometry to protein structure analysis

2020年7月15日14:00 - 15:00

根上 春 (東京大学 工学系研究科先端学際工学専攻 博士課程学生)

Geometry is applied in various fields as a method for revealing the structure of data. In this seminar, I will introduce the topological method, fatgraph model, to classify protein structures. I will ...続きを読む

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Constrained evolution of animal embryogenesis

2020年7月8日10:00 - 11:00

内田 唯 (理研BDR 多階層生命動態研究チーム 基礎特別科学研究員)

Animals have developed a great variety of morphologies during the course of evolution. Despite this, phylogeny-specific features have sometimes been maintained for hundreds of millions of years, sugge...続きを読む

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Waveform Analysis of Biological Rhythms

2020年7月1日10:00 - 11:00

儀保 伸吾 (数理創造プログラム 特別研究員)

Nonlinear oscillatory phenomena often emerge in various systems, for example circadian rhythms in biological systems and acoustic vibrations in engineering. Analysis and control of these oscillatory p...続きを読む

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Turing Patterns in Biology and Beyond

2020年6月10日10:00 - 10:45

マーティン・スクロツキ (数理創造プログラム 訪問研究員)

In his 1952 paper "The chemical basis of morphogenesis", Alan M. Turing presented a model for the formation of skin patterns. While it took several decades, the model has been validated, e.g. in the s...続きを読む

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Quantification model of energy of loop structure on biopolymer

2020年6月3日10:00 - 10:45

横田 宏 (数理創造プログラム 特別研究員)

During cell division, the chromatin fiber condenses into a rod-like shape, which is the so-called chromosome. The chromosome is constructed by consecutive chromatin loop structures whose excluded volu...続きを読む

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Forgetting in Reinforcement Learning Links Sustained Dopamine Signals to Motivation

2020年5月27日10:00 - 10:45

加藤 郁佳 (RIKEN-CBS / 東京大学 博士課程)

Dopamine (DA) has been suggested to have two reward-related roles: (1) representing reward-prediction-error (RPE), and (2) providing motivational drive. Role(1) is based on the physiological results t...続きを読む

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Models to describe how virus spreads in vitro

2020年5月13日10:00 - 10:45

カトゥリン・ボシュメン (数理創造プログラム 客員主管研究員)

This is meant as an introductory talk about my research field, virophysics, in which I apply the rigour and methods of physics to study virology. My focus is primarily in vitro (how virus spreads cell...続きを読む

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Slip or (k)not: Geometry and mechanical performance of physical knots

2020年5月7日17:00 - 17:45

佐野 友彦 (PD, École polytechnique fédérale de Lausanne, Switzerland)

Knots can impart unique mechanical function to filamentary structures, with examples ranging across length scales, including DNA, polymer-chains, shoelaces, climbing ropes, tennis racket, and surgical...続きを読む

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Analyses of large-scale sequence data from “PROTIST” can reveal the eukaryotic phylogeny and evolution

2020年4月30日10:00 - 10:45

矢﨑 裕規 (数理創造プログラム 特別研究員)

Most of the phylogenetic diversity of eukaryotes is made up of unicellular eukaryotic microorganisms called protists, some of which have not known phylogenetic home (called Orphans). Orphans are likel...続きを読む

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Social evolution in viruses

2020年4月22日10:00 - 10:45

アッシャー・リークス (数理創造プログラム 国際プログラム・アソシエイト)

Viruses are normally thought of as solitary organisms. However, in reality viruses often interact with one another, and these interactions can have important consequences for how viruses evolve and ca...続きを読む

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