iTHEMS生物学セミナー

生物学に関連する様々なトピックを扱ったセミナーを定期的に開催しています。生物学と数学・物理学との境界を低くし、接点を見つけ出すことで、新しい学際的な研究のアイデアが生まれることを期待しています。

詳細はiTHEMS生物学セミナースタディーグループのページをご覧下さい。

セミナー

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The origin and dispersal of buckwheat

2021年6月10日10:00 - 11:00

ジェフリ・フォーセット (数理創造プログラム 上級研究員)

Buckwheat, which soba noodles is made from, originated from a wild species that is distributed in southwest China, around Yunnan, Sichuan, and Tibet. We are trying to understand when, where, and how i...続きを読む

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An overview of genome-wide epistasis and co-selection analysis

2021年6月3日10:00 - 11:00

インイン・キョ (数理創造プログラム 基礎科学特別研究員)

This talk is a summary of research that have done by me and my team during 2016~2019. I was a postdoc researcher in Aalto university/Helsinki university in Finland. In the team, a worldwide active col...続きを読む

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A Mathematical Model for Stem Cell Competition to Maintain a Cell Pool Injured by Radiation Exposure

2021年5月27日10:00 - 11:00

内之宮 光紀 (電力中央研究所)

Cancer risk of low-dose-rate ionizing radiation exposure is one of the most important issues in radiation protection. Tissue stem cells have been considered one of the targets of radiation-induced car...続きを読む

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Organ-to-organ two-way coupling contributes to the stabilization of circadian clock in Arabidopsis.

2021年5月20日10:00 - 11:00

上本 恭平 (京都大学 / 奈良先端科学技術大学院大学)

Circadian clocks increase plant fitness by anticipating periodic environmental changes using unstable temporal information perceived in each tissue/organ. However, little is known about how such local...続きを読む

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Modeling Membrane Morphological Change during Autophagosome Formation

2021年5月14日10:00 - 11:00

境 祐二 (数理創造プログラム 客員研究員(学術機関) / 東京大学大学院 医学系研究科 助教)

Membrane-bound organelles compartmentalize eukaryotic cells and adopt various characteristic shapes such as disk-shaped, tubules, spherical vesicles, and their intermediate structures. Organellar morp...続きを読む

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Kullback-Leibler divergence and stochastic dynamics

2021年5月6日10:00 - 11:00

入谷 亮介 (数理創造プログラム 研究員)

*Detailed information about the seminar refer to the email.

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The rheotaxis mechanism of swimming ciliates

2021年4月22日10:00 - 11:00

西上 幸範 (北海道大学 電子科学研究所)

The swimming unicellular organisms, which live in freshwater, need to resist currents in the environment. Without this ability, their habitat changes with the flow, and they cannot survive in nature f...続きを読む

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Liquid condensates in cell nucleus

2021年4月15日10:00 - 11:00

足立 景亮 (数理創造プログラム 基礎科学特別研究員 / 理化学研究所 生命機能科学研究センター 生体非平衡物理学理研白眉研究チーム 基礎科学特別研究員)

I will give a talk in a journal club style. I will introduce recent papers regarding liquid-liquid phase separation in cells. In cell biology, several types of liquid condensates of proteins/RNAs h...続きを読む

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Simple models of cancer growth, MCMC parameter estimation and identifiability

2021年4月8日10:00 - 11:00

カトゥリン・ボシュメン (数理創造プログラム 副プログラムディレクター / Professor, Department of Physics, Ryerson University, Canada)

I would like to introduce some basic concepts about (very simple) mathematical model of cancer growth, the basic math behind parameter estimation via Markov chain Monte Carlo (MCMC) based on Bayes' th...続きを読む

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Structural reduction of chemical reaction networks based on topology

2021年4月1日10:00 - 11:00

広野 雄士 (Assistant Professor, Asia Pacific Center for Theoretical Physics, Republic of Korea)

Chemical reactions form a complex network in living cells and they play vital roles for physiological functions. An amusing question is how the structure of a reaction network is linked to its chemica...続きを読む

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Evolutionary conservativeness and diversification of cycads: Understanding the evolution of living fossils

2021年3月25日10:00 - 11:00

Jose Said Gutiérrez-Ortega (Assistant Professor, Institute for Excellence in Educational Innovation, Chiba University)

The cycads are a lineage of gymnosperms that represent an example of biological stasis success. Despite their early origin in the seed plant evolution, they survived multiple events of mass extinction...続きを読む

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Microeconomics of metabolism

2021年3月10日10:00 - 11:00

山岸 純平 (東京大学 金子研究室)

Metabolic behaviors of proliferating cells are often explained as a rational choice to optimize cellular growth rate. In contrast, microeconomics formulates consumption behaviors as optimization probl...続きを読む

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Origin of non-linearity of large deformation on DNA stretched

2021年2月25日10:00 - 11:00

横田 宏 (数理創造プログラム 特別研究員)

Since DNA in a cell is mechanically stretched or rotated by many proteins, the mechanical response of DNA in vitro is expected to be basic point for understanding its behavior. When DNA is stretched b...続きを読む

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High-throughput laboratory evolution with machine learning reveals constraints for drug resistance evolution

2021年2月18日10:00 - 11:00

岩澤 諄一郎 (東京大学 理学系研究科物理学専攻 博士課程)

The understanding of evolution is crucial to tackle the problem of antibiotic resistance which is a growing health concern. Although the lack of sufficient data has long hindered the mechanism of evol...続きを読む

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A machine learning approach for prediction of mitochondrial proteins in non-model organisms

2021年2月12日10:00 - 11:00

久米 慶太郎 (筑波大学 医学医療系 助教)

The evolution of the repertoire of proteins localized to organelles is important for understanding the evolutionary process of organelles. However, experimental methods for identifying organelle-local...続きを読む

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System identification of mechano-chemical epithelial sheet dynamics

2021年2月4日10:00 - 11:00

浅倉 祥文 (京都大学 生命科学研究科 理論生物学分野 博士後期課程三年)

Collective migration of epithelial cells is a fundamental process of multi-cellular organisms. Our recent study using live imaging with FRET-based biosensor discovered that cell migration within an ep...続きを読む

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Numerical inference of the molecular origin of the cyanobacterial circadian rhythm

2021年1月28日10:00 - 11:00

甲田 信一 (分子科学研究所 計算分子科学研究領域 助教)

The cyanobacterial clock proteins, KaiA, KaiB, and KaiC, are known as the simplest biological clock; Just by mixing them with ATP in a test tube, self-sustaining oscillation with a nearly 24h temperat...続きを読む

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Introduction to Boolean modeling and Boolean networks as information processing units

2021年1月21日10:00 - 11:00

岡田 崇 (数理創造プログラム 上級研究員)

Boolean networks are widely used in physics, biology, social science, and computer science. In this talk, I will introduce the basics of Boolean networks and give an overview of Biological application...続きを読む

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What are genes and how can we find them?

2021年1月14日10:00 - 11:00

ジェフリ・フォーセット (数理創造プログラム 上級研究員)

Although 'gene' is a word that is used frequently in the society, most people probably do not know what genes actually are. In fact, its definition is not so straightforward. In this talk, I will firs...続きを読む

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From local resynchronization to global pattern recovery in the zebrafish segmentation clock

2021年1月7日10:00 - 11:00

瓜生 耕一郎 (金沢大学 生命理工学類 助教)

Tissue-scale developmental patterns are often generated by local cellular interactions and global tissue deformation. An example is gene expression rhythms in vertebrate, termed the segmentation clock...続きを読む

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