iTHEMS生物学セミナー

生物学に関連する様々なトピックを扱ったセミナーを定期的に開催しています。生物学と数学・物理学との境界を低くし、接点を見つけ出すことで、新しい学際的な研究のアイデアが生まれることを期待しています。

詳細はiTHEMS生物学セミナースタディーグループのページをご覧下さい。

セミナー

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Numerical inference of the molecular origin of the cyanobacterial circadian rhythm

2021年1月28日10:00 - 11:00

甲田 信一 (分子科学研究所 計算分子科学研究領域 助教)

The cyanobacterial clock proteins, KaiA, KaiB, and KaiC, are known as the simplest biological clock; Just by mixing them with ATP in a test tube, self-sustaining oscillation with a nearly 24h temperat...続きを読む

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Introduction to Boolean modeling and Boolean networks as information processing units

2021年1月21日10:00 - 11:00

岡田 崇 (数理創造プログラム 上級研究員)

Boolean networks are widely used in physics, biology, social science, and computer science. In this talk, I will introduce the basics of Boolean networks and give an overview of Biological application...続きを読む

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What are genes and how can we find them?

2021年1月14日10:00 - 11:00

ジェフリ・フォーセット (数理創造プログラム 上級研究員)

Although 'gene' is a word that is used frequently in the society, most people probably do not know what genes actually are. In fact, its definition is not so straightforward. In this talk, I will firs...続きを読む

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From local resynchronization to global pattern recovery in the zebrafish segmentation clock

2021年1月7日10:00 - 11:00

瓜生 耕一郎 (金沢大学 生命理工学類 助教)

Tissue-scale developmental patterns are often generated by local cellular interactions and global tissue deformation. An example is gene expression rhythms in vertebrate, termed the segmentation clock...続きを読む

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Mathematical model-based quantitative data analysis for COVID-19

2020年12月22日10:00 - 11:00

岩見 真吾 (九州大学理学研究院 生物科学部門数理生物学教室 准教授)

The recent spread of corona threatens the health of people around the world. We urgently need strategies to reduce COVID-19 spread and to enhance antiviral drug development for individual patients. Ma...続きを読む

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Autoimmune diseases initiated by pathogen infection: mathematical modeling

2020年12月17日10:00 - 11:00

原 朱音 (九州大学 システム生命科学府 一貫制博士課程)

The pathogen with proteins similar to host’s proteins is likely to cause autoimmunity, which is called “molecular mimicry”. To understand the mechanism of autoimmunity development caused by pathogen i...続きを読む

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How to obtain the large amount of sequence data from the eukaryote

2020年12月10日10:00 - 11:00

矢﨑 裕規 (数理創造プログラム 特別研究員)

Most of the modern biology is supported by genetic sequence data. Recent advances in sequencing technology have made it possible to obtain comprehensive and large numbers of sequence data from a small...続きを読む

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Rotifer can be a good model organism for theoretical biology

2020年11月27日10:00 - 11:00

小南 友里 (東京大学大学院 農学生命科学研究科・農学部 特任助教)

Rotifers are cylindrical zooplankton which constitute the phylum Rotifera. They have organs and tissues including ganglia, muscles, digestive organs, ovaries, and sensory organs in their <1mm body. Ro...続きを読む

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Symmetry and conservation laws in neural networks

2020年11月20日10:00 - 11:00

Hidenori Tanaka (Group Leader & Senior Scientist, Physics & Informatics Laboratories, NTT Research, Inc., USA / Visiting Scholar, Stanford University, USA)

Symmetry is the central guiding principle in the exploration of the physical world but has been underutilized in understanding and engineering neural networks. We first identify simple yet powerful ge...続きを読む

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Evolution of a peak of genetic divergence driven by local adaptation

2020年11月5日10:00 - 11:00

坂本 貴洋 (総合研究大学院大学 先導科学研究科 特別研究員)

In species that are distributed in various environments, each subpopulation adapts to the local environment. In general, when there is migration between subpopulations, genetic divergence does not pro...続きを読む

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Basics of population genomic data analysis

2020年10月29日10:00 - 11:00

ジェフリ・フォーセット (数理創造プログラム 上級研究員)

In recent years, it has become possible to obtain the DNA sequence data of a large number of individuals of the same species. This data set is basically a M (number of samples) x N (number of genomic ...続きを読む

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Bayesian nonparametric estimation of Random Dynamical Systems

2020年10月21日14:00 - 15:00

Christos Merkatas (Postdoctoral Researcher, Aalto University, Finland)

In this talk, a Bayesian nonparametric framework for the estimation and prediction, from observed time series data, of discretized random dynamical systems is presented [1]. The size of the observed t...続きを読む

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A PDE model for the localization and spread of flu in the human respiratory tract

2020年10月14日10:00 - 11:00

Christian Quirouette (PhD student, Department of Medical Physics, Ryerson University, Canada)

Within the human respiratory tract (HRT), virus diffuses through the periciliary fluid (PCF) bathing the epithelium. But it also undergoes advection: as the mucus layer sitting atop the PCF is pushed ...続きを読む

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Phase Transitions in Biological Systems

2020年9月23日10:00 - 11:00

足立 景亮 (数理創造プログラム 基礎科学特別研究員 / 理化学研究所 生命機能科学研究センター 生体非平衡物理学理研白眉研究チーム 基礎科学特別研究員)

Biological systems are built hierarchically by DNA, proteins, cells, tissues, organs, individuals, etc. Recent experiments have clarified the existence of interesting mesoscale phenomena inside cells,...続きを読む

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Eco-evolutionary dynamics with novel mutations

2020年9月16日10:00 - 11:00

Hye Jin Park (Junior Research Group Leader, Statistical physics of ecology and evolution group, Asia Pacific Center for Theoretical Physics, Korea (the Democratic People's Republic of))

Evolution is driven by individual birth and death that are determined by interactions between individuals. Hence studying interactions is crucial to understand the population evolution. However, tradi...続きを読む

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Singular point implies coexistence in adaptive dynamics

2020年9月9日10:00 - 11:00

立川 正志 (数理創造プログラム 客員研究員(学術機関) / 京都⼤学 ウイルス・再⽣医学研究所 ⽣命システム研究部⾨ 准教授 )

Adaptive dynamics is a relatively new mathematical framework for studying evolution(~1990s). Under the influence of the mathematical ecology and the game theory, adaptive dynamics considers the effect...続きを読む

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The hitch-hiker’s guide to 
the concept of 
adaptive dynamics

2020年9月2日10:00 - 10:30

入谷 亮介 (数理創造プログラム 研究員)

Adaptation is of multi-causality, composed of mutation and selection processes. I will talk about how we model adaptation on the basis of the adaptive dynamics framework. This is a very quick, concept...続きを読む

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Modeling biological timing

2020年8月26日10:00 - 11:00

黒澤 元 (数理創造プログラム 専任研究員)

Under stay-at-home situation, some of you may suffer from sleep disorder. Efficacy of a drug often depends on the timing of its prescription. We know this fact about our "timing", but we don't know wh...続きを読む

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Heavy tails in the brain

2020年8月5日10:00 - 11:00

Lukasz Kusmierz (理化学研究所 脳神経科学研究センター 研究員)

In my talk I will discuss the relation between two seemingly unrelated measures in the brain that exhibit heavy tails: neuronal avalanches, i.e. bursts of activity with power-law distributions of size...続きを読む

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Time-dependent bias emerges in population models with broad offspring number distributions

2020年7月29日10:00 - 11:00

岡田 崇 (数理創造プログラム 上級研究員)

It has been increasingly recognized that natural populations exhibit broad offspring number distributions, either because offspring numbers are strongly variable (e.g. marine organisms) or because ran...続きを読む

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