December 13 (Thu) at 14:00 - 16:00, 2018 (JST)
  • Dr. Yusuke Kazama (Team Leader, Plant Genome Evolution Research Team, RIKEN Nishina Center for Accelerator-Based Science (RNC))
  • Dr. Jeffrey Fawcett (Senior Research Scientist, iTHEMS)

Speaker: Jeffrey Fawcett (iTHEMS)

Title: Introduction to Genomics

Abstract: The genetic information, or the genome, of almost all species are determined by the order (i.e. the "sequence") of millions of nucleotides represented by A, G, C, and T. I will first outline what we already know about the genome, how they differ across species and individuals, and how we can study them. I will then briefly introduce "3D Genomics", a topic that is becoming quite hot in biology now: the genome is not only a one dimensional "sequence" information but the chromosomes must be folded up to fit into the cell nuclei, and this 3D structure of the chromosome and the spatial positioning of the genes might be important for the biology of each species.

Speaker: Yusuke Kazama (Nishina Center)

Title: 大きな玉ほど大きく壊す:シロイヌナズナを用いて明らかにした重イオンビーム変異の特徴

Abstract: 重イオンビームはγ線やX線よりも線エネルギー付与(LET)が高いことで知られ、核種やビームの速度を選択することによりLETを調節して照射することもできる。私たちは、モデル植物シロイヌナズナを用いてLETが変異誘発に与える影響を調べ、変異率が最大となるLET=30.0 keV/μm(LETmax)を発見した。突然変異体の全ゲノム解析を行ない、LETmaxでは塩基置換や小さい欠失が多いのに対し、LET=290 keV/μmでは大きな欠失や染色体再編成の頻度が高いことを明らかにした。目的や材料に合わせて「高効率で1遺伝子を破壊するにはLETmax照射」を、「2遺伝子以上の破壊や染色体再編成の誘発には高LET照射」を行うオンデマンド照射技術を確立した。今後は、染色体再編成が植物の形質に与える影響を、3Dゲノム構造の変化、クロマチン構造の変化、遺伝子発現の変化に注目して研究していきたい。